В бывших монастырских строениях тюрьма расположилась в 1931 году. Некоторое время в ней содержались уголовники с малым сроком заключения. Режим тюрьмы был довольно мягким. В 1935 году тюрьма была расформирована.

Рядом с тюрьмой располагались здания бывшего господского имения Суханово, поэтому новая тюрьма стала именоваться Сухановской. Ещё одним неофициальным, но довольно распространённым названием тюрьмы было Дача пыток. В официальных документах Сухановка также часто именовалась Спецобъект № 110.

В 1937 году М. И. Калинин распорядился отдать в собственность НКВД все постройки бывшего монастыря и территорию вокруг них, которые отныне были предназначены для содержания политических заключённых.[источник не указан 871 день] Идея создания на территории бывшего монастыря секретной тюрьмы для жертв Большого Террора (в первую очередь — попавших в опалу у Сталина его высокопоставленных сотрудников, а также арестованных высокопоставленных чинов самого НКВД) принадлежала Николаю Ежову,[источник не указан 868 дней] однако конкретная работа по её обустройству началась в первых числах декабря 1938 года, после того, как сам Ежов был смещён Сталиным с поста главы НКВД СССР. Фактическим организатором тюрьмы стал новый нарком НКВД Лаврентий Берия.

Согласно книге Головковой, в день предполагаемой отставки Николая Ежова Лаврентий Берия постановил создать тюрьму при НКВД на территории «Сухановского», по его выражению, монастыря.

[25 ноября] 1938 года Н. И. Ежов был смещён с поста наркома внутренних дел, а 10 апреля 1939 года арестован и помещён в ту же Сухановку, где содержался в течение последующих девяти месяцев; там же был осужден и 6 февраля 1940 года расстрелян.

После войны строения были переданы в ведение МВД, а в мае 1992 года был восстановлен Свято-Екатерининский мужской монастырь.

Режим тюрьмы был очень строгим. Имена в тюрьме были запрещены; все заключённые, служащие тюрьмы и даже тела расстрелянных существовали исключительно под номерами.

Согласно телеграмме Сталина, Центральным комитетом Всесоюзной коммунистической партии было «допущено» применение «физического воздействия» к «врагам народа».

Есть свидетельства, что в бывшем главном храме монастыря был устроен тюремный крематорий.