26 мая 1920 года, по решению Архангельского губисполкома, был учрежден Концлагерь губернского подчинения. Состав заключенных — люди, осужденные за уголовные преступления и «контрреволюцию», свыше трети узников — бывшие белые солдаты, офицеры и военные чиновники. Их отправляли на Соловки из тюрем и других концлагерей Архангельской губернии. Общая численность узников на 1920 год колебалась от 150—200, а в феврале 1921 — 239.
Губернский концлагерь существовал менее года. В мае 1921 года заключенные были перевезены в Холмогорский лагерь принудительных работ Архангельской губЧК. 
Но в мае 1923 года Лубянка приняла решение организовать собственный «Соловецкий лагерь принудительных работ особого назначения». В июне 1923 года ВЦИК принял решение о создании Северных лагерей ГПУ для содержания под стражей «политических и уголовных преступников, отбывающих наказание по внесудебным приговорам ГПУ». В «Положении о Соловецких лагерях принудительных работ» значилось, что данные лагеря предназначены «для изоляции особо вредных государственных преступников, как уголовных, так и политических, кои принесли или могут принести существенный ущерб спокойствию и целости СССР».
Прибытие заключенные в Соловецкие лагеря началось уже летом 1923 года.
Первые заключенные были доставлены из Архангельска. Через месяц их количество удвоилось. К сентябрю число лагерников превышало 3 тыс. человек — 2714 мужчин и 335 женщин, из них более 300 «политических», 2550 «контрреволюционеров» («каэров») и уголовников и 200 бывших чекистов.
Далее количество заключенных СЛОНа только росло. Постепенно отдельные лагеря, отделения, «командировки» и другие объекты СЛОНа заняли все острова Соловецкого архипелага, Конд-остров, а с конца 1920-х гг. — и ряд пунктов на материке. К 1931 году СЛОН состоял из 8 лагерных отделений, 6 из которых находились на материке, включая отдаленный Мурманск. 
К началу 1929 года в местах заключения, подведомственных НКВД, находилось 76,5 тыс. заключенных. Это количество втрое превышало норму. Проблема «перенаселенности» мест заключения в «государстве рабочих и крестьян» встала почти с момента его появления. А также неменее важной проблемой, являлось содержание людей в лагерях. Содержание одного заключенного обходилось казне в среднем в 250 руб. в год (на Соловках — в 211 руб.). Естественно, государственный бюджет с трудом выдерживал такие нагрузки. 
Позже решение проблем было найдено. В июне 1929 года Политбюро санкционировало организацию под эгидой ОГПУ новых лагерей по типу Соловецкого, в том числе Северных лагерей (СЛАГа). Осужденные к лишению свободы на сроки от 3 лет и выше передавались в концлагеря ОГПУ, которые впредь следовало именовать исправительно-трудовыми (ИТЛ). 
В первых числах октября 1929 года в домзаки Среднего Поволжья, Центрального Черноземья и Ленинграда Москва организовала комиссии «для отбора рабсилы и для Соловков, и для Северных лагерей». Исходя из программы тамошних лесозаготовительных и дорожно-строительных работ, планировалось направить не менее 12—15 тыс. заключенных. В результате деятельности чекистских «приемщиков» «население» СЛОНа в апреле 1930 года составляло 57 325 арестантов — 54 973 мужчин и 2352 женщины. Максимального количество узников, «Соловки» достигли в 1931 году, в количестве 71 800 узников.

В декабре 1933 года лагерь был расформирован, а его имущество — передано Беломоро-Балтийскому лагерю. В дальнейшем на Соловках располагалось одно из лагерных отделений БелБалтЛага, а в 1937-39 гг. — Соловецкая тюрьма особого назначения (СТОН) Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР.
Благодаря архивным исследованиям, проведённым в 1995 году директором Санкт-Петербургского научно-исследовательского центра «Мемориал» Вениамином Иоффе, было установлено, что 27 октября 1937 года по приговору Особой Тройки УНКВД по Ленинградской области часть заключённых Соловецкого лагеря погрузили на баржи и, доставив их в посёлок Повенец, расстреляли в урочище Сандормох (1111 человек).
За время существования лагеря в нём умерло около 7,5 тысяч человек, из которых 3,5 тысячи — в голодном 1933 году.